A pályázat elektronikus benyújtásának egyes lépéseit az EPER használati kézikönyvben leírtak szerint, valamint a Pályázati Útmutatóban rögzített módon kell elvégezni. Az EPER rendszert a civil szervezetek a www.eper.hu oldalon, valamint a www.emet.gov.hu honlapon keresztül érhetik el. A pályázatok benyújtását megelőzően minden, regisztrációval nem rendelkező pályázónak regisztrálnia kell magát az EPER rendszerben, amelyhez rendelkeznie kell egy érvényes e-mail címmel.